Il progetto Climateprediction.net inizia a prendere forma nel 1999, quando Myles Allen pubblica un articolo su Nature dal Titolo Do-it-yourself climate prediction ( ovvero Previsioni climatiche fai da te).

Nel 2000 vennero coinvolti attivamente nel progetto numerosi enti inglesi, tra cui l'università di Oxford, il Met Office e l'università di Reading. E' però nel 2002 che il progetto vede una considerevole espansione, grazie ai fondi stanziati dal Consiglio delle Richerche sull'Ambiente Naturale (Natural Environment Research Council, NERC). Infatti, in questo anno entrano a far parte del progetto esperti della Open University, del KMi (Knowledge media insitute) e sopratutto, il Laboratorio di Calcolo dell'università di Oxford (ComLab).

Chiamato inizialmente Casino-21 (in riferimento sia al metodo di simulazione Monte Carlo, sia al clima del 21-esimo secolo), il progetto fu rinominato Climateprediction.com nel 2001. Nel 2002 fu stabilito il nome definitivo del progetto quale climateprediction.net, in modo da chiarire che non si tratta di un'attività commerciale. Nel corso del 2003 il nostro gruppo è cresciuto ulteriormente, acquisendo molti esperti di calcolo e di climatologia. Abbiamo cominciato la prima serie di test (alpha testing) alla fine del 2002, i beta tests nella primavera del 2003. Il lancio pubblico del progetto si è avuto il 12 Settembre 2003, suscitando un enorme interesse pubblico - durante la prima settimana si registarono circa 25000 utanti sparsi per tutto il pianeta!